Не надо ничего править в my.ini Просто откройте его (my.ini ) и добавьте в конец еще раз директиву  [mysqld] с указанием federated мелкими буквами. И будет Вам счастье.

[mysqld]
federated

Только стоит помнить что FEDERATED начинает работать в MySQL c версии 5.5 и новее.